C’est l’essence du virus qui a frappé le monde il y a plus de deux ans : le SRAS-CoV-2 change, se transforme et mute avec le temps. De Beta à Alpha, en passant par Delta, Omicron et son petit frère BA.2 : la France, comme de nombreux pays à travers le monde, a été touchée par diverses variantes du Covid-19, toutes aux caractéristiques différentes. Pour prévoir l’évolution de la situation sanitaire en France, les autorités sanitaires suivent de près l’évolution des mutations du virus.

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À ce stade, tous les yeux sont tournés vers l’Afrique du Sud en ce moment. Et pour cause : “Les différentes vagues qui se sont produites en Afrique du Sud dans le passé précèdent celles qui se sont produites un peu plus tard en Europe de l’Ouest”, a déclaré Antoine Flahault, épidémiologiste et directeur de l’Institut de santé mondiale de l’Université de Genève, dans un entretien avec La du Midi. Le pays est actuellement touché par une cinquième vague de Covid-19 portée par les variantes BA.4 et BA.5, inédites dans le paysage pandémique. Ces deux variantes “sont reconnues comme dominantes en Afrique du Sud : elles représentent 70% des cadres suivis là-bas”, précise le professeur.

Évasion immunitaire et transmissibilité élevée

Cette répétition de la circulation du virus en Afrique du Sud permet en tout cas d’en savoir plus sur ces deux variantes. Les deux ont déjà été identifiés en France : les autorités sanitaires ont identifié une épidémie de BA.4 – qui, selon les autorités, est liée à un voyage en Afrique du Sud. Deux autres cas d’infection à BA.5 ont également été identifiés dans le pays. Ces deux variantes font l’objet d’un appel à la vigilance lancé ce mois-ci par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies : “Cet appel ne repose pas sur des preuves épidémiologiques ou cliniques inquiétantes, mais sur le profil génétique de ces deux sous-catégories”, a-t-il précisé. Santé publique France.

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Quel est ce profil génétique ? Elle repose sur des mutations d’intérêt qui sont suivies de près par les autorités. Deux d’entre eux ont été isolés par des scientifiques :

Mutation L452R : cette mutation avait déjà été détectée dans le variant Delta. “Il est lié à une plus grande affinité du virus avec le récepteur ACE2, qui permet au virus d’infecter les cellules humaines”, précise le professeur Antoine Flahault. Par conséquent, nous pouvons avoir affaire à une variante plus contagieuse qu’Omicron et échapper à l’acquis et à l’immunité du vaccin, mais pas nécessairement à une souche associée à une plus grande gravité. Mutation F486 : celle-ci “est associée à une réduction de la neutralisation des anticorps et pourrait donc effectivement jouer un rôle important dans l’échappement vaccinal”.

D’autres analyses devraient être réalisées pour évaluer au plus vite les caractéristiques de ces deux variants. En France, il s’agira également de créer une surveillance accrue de ces variantes. A l’heure actuelle, les trois cas d’infection qui ont été recensés dans le pays “n’ont révélé aucune donnée inquiétante en termes de symptômes et de tableau clinique”, explique Santé publique France.